Nuestra misión es mejorar el conocimiento epidemiológico de la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y otras infecciones de transmisión sexual (ITS), mediante la vigilancia epidemiológica y la investigación, al objeto de proporcionar información relevante y de calidad que sirva para el diseño, implementación y evaluación de políticas de prevención y control de las mismas.

Las enfermedades bajo vigilancia que se incluyen son la infección por el VIH, sífilis, sífilis congénita, infección gonocócica, infección por Chlamydia trachomatis, linfogranuloma venéreo y herpes simple (este último no incluido como enfermedad de declaración obligatoria).