Su misión es mejorar el conocimiento de las enfermedades  transmisibles y de los  brotes de cualquier etiología, mediante la vigilancia e investigación epidemiológica y de salud pública. El objetivo es  proporcionar información de calidad para guiar el control y prevención de las enfermedades transmisibles, así como orientar el diseño, implementación y evaluación de políticas sanitarias.

Las funciones del Departamento son:

• Prestación de servicios Científico-Técnicos de referencia que proporcionen apoyo al Sistema Nacional de salud.     
• Investigación en Salud Pública en el ámbito de competencia del Departamento.
•  Formación en Salud Pública de profesionales de ámbitos multidisciplinares.