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Investigación
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Subunidad de Bioinformática y Gestión de Datos
Esta subunidad (Bioinformática y Gestión de Datos (BIOGEDA), Bioinformatics and Data Management (BIODAMA)), integrada en la Unidad de Epidemiología del Cáncer y Ambiental, tiene como principales líneas de investigación:
- Diseño y desarrollo de instrumentos para la obtención de información y transmisión de la misma en la investigación epidemiológica.
- Integración de fuentes de información y datos epidemiológicos
- Bioinformática en el contexto de la epidemiología molecular/genética.
- Infraestructuras de computación, almacenaje y transferencia de datos en salud.
Publicaciones destacadas
Listeriosis outbreak caused by contaminated stuffed pork, Andalusia, Spain, July to October 2019
Fernández-Martínez N.F., Ruiz-Montero R., Briones E., Baños E., Rodríguez-Alarcón L.G.S.M., Chaves J.A., Abad R., Varela C., Lorusso N., Antiñolo G., Elías C., López J.J., López Márquez M.R., Riazzo C., Luque R.S., Almela A.F.D.S., Milena A.P., Smani Y., de la Torre Cisneros J., Butrón E.T., Moreno J.V., LISMOAN team. Listeriosis outbreak caused by contaminated stuffed pork, Andalusia, Spain, July to October 2019. Euro Surveill. 2022;27(43):pii=2200279.
PUBMED DOILifting COVID-19 mitigation measures in Spain (May-June 2020)
Monge S., Latasa Zamalloa P., Sierra Moros M.J., Pérez Olaso O., García San Miguel L., Varela C., Rivera Ariza S., Vázquez Torres M.C., Olmedo Lucerón M.D.C., González Yuste P., Soler Crespo P., Segura del Pozo J., Gullón P., Carrasco J.M., Martínez Sánchez E.V., Redondo Bravo L., Pichiule Castañeda M., Purriños Hermida M.J., Hervada Vidal X., Huerta Gonzalez I., Margolles M., Vanaclocha Luna H., Ramalle Gómara E., Pérez Martín J.J., Chirlaque López M.D., López Fernández M.J., Lorusso N., Carmona Ubago A., Rivas Perez A., Ramos Marin V., Criado Alvarez J.J., Castrillejo Pérez D., Góméz Anés A.A., Frontera M., Macias Rodriguez P., Álvarez León E.E., Díaz Casañas M., Lopaz Perez M.A., Alonso Pérez de Ágreda J.P., Navas Gutierrez P., Rosell Aguilar I., Arteagoitia Axpe J.M., Gonzalez Carril F., Aparicio Azcárraga P., Simón Soria F., Suarez Rodríguez B., Members of the Technical advisory group for the lifting of lockdown measures. Lifting COVID-19 mitigation measures in Spain (May–June 2020) [La desescalada de las medidas de mitigación contra el COVID-19 en España (mayo–junio 2020)] Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica 41 (2023) 11–17
PUBMEDModeling the regional distribution of international travelers in Spain to estimate imported cases of dengue and malaria: statistical inference and validation study.
García-García D, Fernández-Martínez B, Bartumeus F, et al. JMIR Public Health Surveill. 2024;10:e51191.
PUBMEDThe impact of meteorological factors on tuberculosis incidence in Spain: a spatiotemporal analysis.
Díez Galán MDM, Redondo-Bravo L, Gómez-Barroso D, et al. Epidemiol Infect. 2024 Mar 20;152:e58.
PUBMEDModelling the spatial risk of malaria through probability distribution of Anopheles maculipennis s.l. and imported cases.
Taheri S, González MA, Ruiz-López MJ, et al. Emerging Microbes & Infections. 2024 13:1, 2343911.
PUBMEDSpatial analysis for risk assessment of dengue in Spain.
Fernández-Martínez B, Pampaka D, Suárez-Sánchez P, et al. Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed) . 2023 Nov 7:S2529-993X(23)00257-5.
PUBMEDA systematic review of environmental factors related to WNV circulation in European and Mediterranean countries.
Giesen C, Herrador Z, Fernandez-Martinez B, et al. One Health . 2023 Jan 6:16:100478.
PUBMEDDetection of dengue in German tourists returning from Ibiza, Spain, related to an autochthonous outbreak, August to October 2022.
García-San-Miguel L, Giménez-Durán J, Saravia-Campelli G, et al. Euro Surveill. 2024;29(14):pii=2300296.
PUBMEDToxoplasma gondii exposure in wildlife in Spain: Is there any predictable threat for humans and domestic animals?
González-Barrio D, Carpio AJ, Preite L, Miguel-Vicedo M, Estévez-Reboredo RM, González-Viadero M, Barba-Sánchez R, Calero-Bernal R, Carmena D, Fuentes I. Sci Total Environ. 2024 Jul 20;935:173290. doi: 10.1016/j.scitotenv.2024.173290. Epub 2024 May 21. PMID: 38782291.
PUBMEDUnprecedented increase of West Nile virus neuroinvasive disease, Spain, summer 2020.
García San Miguel L, Fernández-Martínez B, Sierra Moros MJ, Vázquez A, Julián Pachés P, García Villacieros E, Gómez Martín MB, Figuerola Borras J, Lorusso N, Ramos Aceitero JM, Moro E, de Celis A, Oyonarte S, Mahillo B, Romero González LJ, Sánchez-Seco MP, Suárez Rodríguez B, Ameyugo Catalán U, Ruiz Contreras S, Pérez-Olmeda M, Simón Soria F. Euro Surveill. 2021;26(19):pii=2002010. doi.org/10.2807/1560-7917.
PUBMEDScabies in Spain? A comprehensive epidemiological picture
Redondo-Bravo L, Fernandez-Martinez B, Gómez-Barroso D, Gherasim A, García-Gómez M, Benito A, Herrador Z. PLoS One. 2021 Nov 1;16(11):e0258780. doi: 10.1371/journal.pone.0258780. eCollection 2021. PMID: 34723979 Free PMC article.
PUBMEDMarked increase in cryptosporidiosis cases, Spain, 2023. Euro Surveill. 2024;29(28):2300733.
Peñuelas Martínez M, Carmena D, Guzmán Herrador BR, et al.
DOIIncreasing trends in hepatitis E hospitalisations in Spain, 1997 to 2019. Euro Surveill. 2024;29(43):pii=2400118.
Guerrero-Vadillo María, Peñuelas Marina, Carmona Rocío, León-Gómez Inmaculada, Varela Carmen.
DOIBrotes de transmisión alimentaria e hídrica en España, 2018-2022. BES [Internet]. 29 de julio de 2024 [citado 31 de octubre de 2024];32(2):61-73.
Sanz-Olea E, Peñuelas M, Guerrero-Vadillo M, Sastre-García M, Díaz O, Cano-Portero R, et al.
DOISituación epidemiológica de la hepatitis A en España. Años 2021 y 2022
Guerrero-Vadillo M, Peñuelas M, Varela C. Situación epidemiológica de la hepatitis A en España. Años 2021 y 2022. BES [Internet]. 22 de diciembre de 2023;31(4):243-52. Disponible en: //revista.isciii.es/index.php/bes/article/view/1339
Estimated Impact of Nirsevimab on the Incidence of Respiratory Syncytial Virus Infections Requiring Hospital Admission in Children < 1 Year, Weeks 40, 2023, to 8, 2024, Spain.
Mazagatos C, Mendioroz J, Rumayor MB, Gallardo García V, Álvarez Río V, Cebollada Gracia AD, et al. Influenza Other Respir Viruses. 2024 May;18(5):e13294.
PUBMED DOILife expectancy of people with HIV on antiretroviral therapy in Spain
Jarrín I, Rava M, Del Romero Raposo J, Rivero A, Del Romero Guerrero J, De Lagarde M, Martínez Sanz J, Navarro G, Dalmau D, Blanco JR, Koerting A, Gomez Castell J, Del Amo J; CoRIS. AIDS. 2024 Mar 1;38(3):387-395.
PUBMEDSharp increase in gonorrhoea notifications among young people, EU/EEA, July 2022 to June 2023.
Nerlander L, Champezou L, Gomes Dias J, Aspelund G, Berlot L, Constantinou E, Díaz A, Epštein J, Fogarassy E, Hernando V, Hoffmann P, Igoe D, Klavs I, Pinto Leite P, Liitsola K, McIntyre A, Molnár Z, Olsen Anne O, Pires-Afonso Y, Putniņa R, Rudaitis K, Siakallis G, de Stoppelaar S, Suligoi B, Hannila-Handelberg T, Velicko I, Cabral Veríssimo V, Visser M, Wessman M, Mårdh O. Euro Surveill. 2024; 29(10):pii=2400113.
PUBMED DOIEpidemiología y carga de enfermedad por VRS en España. SiVIRA, temporadas 2021-22 y 2022-23.
Puma Olguin TC, Mazagatos C, Galindo-Carretero S, Vega-Piris L, Lozano-Álvarez M, Pérez-Gimeno G, et al. BES. 2024 May 6; 32(1):21-35.
DOIEffectiveness and tolerability of dolutegravir/lamivudine for the treatment of HIV-1 infection in clinical practice.
Suárez-García I, Alejos B, Hernando V, Viñuela L, Vera García M, Rial-Crestelo D, Pérez Elías MJ, Albendín Iglesias H, Peraire J, Tiraboschi J, Díaz A, Moreno S, Jarrín I; Cohort of the Spanish HIV/AIDS Research Network (CoRIS). J Antimicrob Chemother . 2023 Jun 1;78(6):1423-1432. doi: 10.1093/jac/dkad102.
PUBMEDEnfermedad Neumocócica Invasiva en España en 2023.
Soler Soneira M, Del-Águila-Mejía J, Acosta-Gutiérrez M, Sastre-García M, Amillategui- Dos-Santos R, Cano Portero R. BES [Internet]. 29 de julio de 2024 [citado 28 de agosto de 2024];32(2):74-93.
DOIEffectiveness of MVA-BN vaccination in a population at high-risk of mpox: a Spanish cohort study.
Fontán-Vela M, Hernando V, Olmedo C, Coma E, Martínez M, Moreno-Perez D, Lorusso N, Vázquez Torres M, Barbas Del Buey JF, Roig-Sena J, Pastor E, Galmés Truyols A, Artigues Serra F, Sancho Martínez RM, Latasa Zamalloa P, Pérez Martínez O, Vázquez Estepa A, García Rojas AJ, Barreno Estévez AI, Sánchez-Migallón Naranjo A, Pérez Martín JJ, Peces Jiménez P, Morales Romero R, Castilla J, García Cenoz M, Huerta Huerta M, Lieve Dirk Boone A, Macías Ortiz MJ, Álvarez Río V, Rodríguez Recio MJ, Merino Díaz M, Berradre Sáenz B, Villegas-Moreno MT, Limia A, Diaz A, Monge S; Spanish MPOX vaccine effectiveness study group. Clin Infect Dis. 2024; 78(2):476-483.
PUBMED DOIExploring the effect of clinical case definitions on influenza vaccine effectiveness estimation at primary care level: Results from the end-of-season 2022-23 VEBIS multicentre study in Europe.
Maurel M, Mazagatos C, Goerlitz L, Oroszi B, Hooiveld M, Machado A, et al. Vaccine. 2024 Jun 11;42(16):3547–54.
PUBMED DOIHIV medical care interruption among people living with HIV in Spain, 2004-2020.
Izquierdo R, Rava M, Moreno-García E, Blanco JR, Asensi V, Cervero M, Curran A, Rubio R, Iribarren JA, Jarrín I; Cohort of the Spanish HIV/AIDS Research Network (CoRIS). AIDS . 2023 Jul 1;37(8):1277-1284. doi: 10.1097/QAD.0000000000003552. Epub 2023 Mar 21.
PUBMEDReduced pertussis disease severity in infants following the introduction of pertussis vaccination of pregnant women in Spain, 2015-2019.
Parisi A, Nuñez O, López-Perea N, Masa-Calles J. Vaccine. 2024 Mar 25:S0264-410X(24)00315-3.
DOIQuality, acceptability and usability of self-sampling kits used by non-healthcare professionals for STI diagnosis in Spain: a single-blind study.
Gómez-Castellá J, Cobos Briz M, Nuño N, Diaz A, Bru-Gorraiz FJ, Martín-Gorgojo A, Almonacid-Garrido MC, Mir A, Muñoz M, del Amo J. et al. Sex Transm Infec. 2024. 0:1–6. doi:10.1136/sextrans-2024-056124.
PUBMEDComparative severity of COVID-19 cases caused by Alpha, Delta or Omicron SARS-CoV-2 variants and its association with vaccination.
Varea-Jiménez E, Aznar Cano E, Vega-Piris L, Martínez Sánchez EV, Mazagatos C, García San Miguel Rodríguez-Alarcón L, et al. Enfermedades Infecc Microbiol Clin Engl Ed. 2024 Apr;42(4):187–94.
PUBMED DOIUnplanned pregnancies and social and partner support during pregnancy in Spanish women living with HIV.
Ruiz-Algueró M, Izquierdo R, Suárez-García I, Moreno C, Alejos B, Rava M, Moreno S, Montero Alonso M, Gutiérrez F, Gutierrez Cuellar I, Curran A, Hernando V, Jarrín I; Cohort of the Spanish HIV/AIDS Research Network (CoRIS). HIV Med . 2023 Jun;24(6):727-737. doi: 10.1111/hiv.13469. Epub 2023 Feb 21.
PUBMEDInvestigating Local Patterns of Mumps Virus Circulation, Using a Combination of Molecular Tools.
Gavilán AM, Perán-Ramos P, Sanz JC, García-Comas L, Pérez-Abeledo M, Castellanos AM, Berciano JM, López-Perea N, Masa-Calles J, Echevarría JE, Fernández-García A. Viruses. 2023 Dec 13;15(12):2420.
DOIEffectiveness of XBB.1.5 Monovalent COVID-19 Vaccines During a Period of XBB.1.5 Dominance in EU/EEA Countries, October to November 2023: A VEBIS-EHR Network Study.
Monge S, Humphreys J, Nicolay N, Braeye T, Van Evercooren I, Holm Hansen C, et al. Influenza Other Respir Viruses. 2024 Apr;18(4):e13292.
PUBMED DOIPrevalence and factors associated with SARS-CoV-2 seropositivity in the Spanish HIV Research Network Cohort.
Berenguer J, Díez C, Martín-Vicente M, Micán R, Pérez-Elías MJ, García-Fraile LJ, Vidal F, Suárez-García I, Podzamczer D, Del Romero J, Pulido F, Iribarren JA, Gutiérrez F, Poveda E, Galera C, Izquierdo R, Asensi V, Portilla J, López JC, Arribas JR, Moreno S, González-García J, Resino S, Jarrín I. Clin Microbiol Infect. 2021 Nov;27(11):1678-1684
PUBMEDEnfermedad invasiva por Haemophilus influenzae. España 2021-2022.
Soler Soneira M, Granero Melcón B, Arroyo Nebreda V, Sastre García M, Amillategui Dos-Santos R, Cano Portero R. BES [Internet]. 29 de septiembre de 2023;31(3):201-14.
DOIPrevalence of chronic HCV infection in EU/EEA countries in 2019 using multiparameter evidence synthesis.
Thomadakis C, Gountas I, Duffell E, Gountas K, Bluemel B, Seyler T, Pericoli FM, Kászoni-Rückerl I, El-Khatib Z, Busch M, Schmutterer I, Vanwolleghem T, Klamer S, Plettinckx E, Mortgat L, Van Beckhoven D, Varleva T, Lana Kosanovic Licina M, Nemeth Blazic T, Nonković D, Theophanous F, Nemecek V, Maly M, Brehm Christensen P, Cowan S, Rüütel K, Brummer-Korvenkontio H, Brouard C, Steffen G, Krings A, Dudareva S, Zimmermann R, Nikolopoulou G, Molnár Z, Kozma E, Gottfredsson M, Murphy N, Kondili LA, Tosti ME, Ciccaglione AR, Suligoi B, Nikiforova R, Putnina R, Jancoriene L, Seguin-Devaux C, Melillo T, Boyd A, van der Valk M, Op de Coul E, Whittaker R, Kløvstad H, Stępień M, Rosińska M, Valente C, Tato Marinho R, Popovici O, Avdičová M, Kerlik J, Klavs I, Maticic M, Diaz A, del Amo J, Lundberg Ederth J, Axelsson M, Nikolopoulos G. Lancet Reg Health Eur. 2023: 36:100792
PUBMED DOICOVID-19 vaccine effectiveness against symptomatic infection with SARS-CoV-2 BA.1/BA.2 lineages among adults and adolescents in a multicentre primary care study, Europe, December 2021 to June 2022.
Lanièce Delaunay C, Martínez-Baz I, Sève N, Domegan L, Mazagatos C, Buda S, et al. Euro Surveill Bull Eur Sur Mal Transm Eur Commun Dis Bull. 2024 Mar;29(13).
PUBMED DOILate presentation for HIV impairs immunological but not virological response to antiretroviral treatment.
Rava M, Bisbal O, Domínguez-Domínguez L, Aleman MR, Rivero M, Antela A, Estrada V, Ribera E, Muñoz A, Iribarren JA, Moreno S, Rubio R, Jarrín I; Cohort of the Spanish HIV/AIDS Research Network (CoRIS). AIDS 2021; 35(8):1283-1293
PUBMEDEnfermedad meningocócica invasiva. Temporada 2021-2022.
Soler-Soneira M, Amillategui-Dos-Santos R, González-Viadero M, Granero-Melcón B, Cabezas-Villa C, Cano-Portero R. BES [Internet]. 30 de junio de 2023;31(2):71-82.
DOIVaccination trends in people with HIV infection participanting in the hospital-based survey of patients infected with HIV, 2006-2021.
Hernando V, Suárez L, Gutiérrez G, López JC, Navarrro-Soler R, Cabello A, Sanz J, Suarez-García I, Fernández MT, Losa JE, Pérez JL, Ramos-Ruperto L, Pérez-Elias MJ, Ben Cheikh El Aayuni W, Cuesta M, Gonzalez G, Izquierdo A, Viloria L, López I, Martínez E, Castrillejo D, Jaume Armengual MG, Belmonte MA, Arraiza A, de la Torre J, Miqueleiz E, Marcos H, Ruiz-Algueró M, Villegas T, Simón L, Diaz A, por el Grupo de Trabajo de la Encuesta Hospitalaria. Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2024 Aug-Sep;42(7):339-346.
PUBMED DOIEffectiveness and tolerability of dolutegravir and abacavir/lamivudine administered as two separate pills compared to their equivalent single-tablet regimen in a multicentre cohort in Spain.
Suárez-García I, Alejos B, Ruiz-Algueró M, García Yubero C, Moreno C, Bernal E, Pérez-Is L, Zubero Z, de Zárraga Fernández MA, Samperiz Abad G, Jarrín I; Cohort of the Spanish HIV/AIDS Research Network (CoRIS). J Int AIDS Soc. 2021 Jul;24(7):e25758.
PUBMEDUtility of MF-non coding region for measles molecular surveillance during post-elimination phase, Spain, 2017-2020.
Jacqueline C, Gavilán AM, López-Perea N, Penedos AR, Masa-Calles J, Echevarría JE, Fernández-García A; MMR Study Group. Front Microbiol. 2023 May 22;14:1143933.
DOIVaccine effectiveness against influenza hospitalisation in adults during the 2022/2023 mixed season of influenza A(H1N1)pdm09, A(H3N2) and B circulation, Europe: VEBIS SARI VE hospital network.
Rose AMC, Pozo F, Martínez-Baz I, Mazagatos C, Bossuyt N, Cauchi JP, et al. Influenza Other Respir Viruses. 2024 Feb;18(2):e13255.
PUBMED DOIIncidence and severity of COVID-19 in HIV-positive persons receiving antiretroviral therapy: a cohort study.
Del Amo J, Polo R, Moreno S, Díaz A, Martínez E, Arribas JR, Jarrín I, Hernán MA; The Spanish HIV/COVID-19 Collaboration. Ann Intern Med 2020; 173(7): 536-541
PUBMEDVigilancia epidemiológica y virológica de la parotiditis en España, 2005-2022.
Horcas de Frutos A, López-Perea N, Fernández-García A, Gavilán AM, Echevarría JE, Olivares-Quintanar D, et al. BES [Internet]. 29 de septiembre de 2023, 31(3):139-65.
DOISocial and behavioural determinants of syphilis: Modelling based on repeated cross-sectional surveys from 2010 and 2017 among 278,256 men who have sex with men in 31 European countries.
Mendez-Lopez A, Stuckler D, Marcus U, Hickson F, Noori T, Whittaker RN, Jansen K, Diaz A, Henszel L, Velter A, Semenza JC, Schmidt AJ. Lancet Reg Health Eur. 2022; 22:100483.
PUBMED DOIEffectiveness and safety of first-line antiretroviral regimens in clinical practice: a multicentre cohort study.
Alejos B, Suárez-García I, Rava M, Bautista-Hernández A, Gutierrez F, Dalmau D, Sagastagoitia I, Rivero A, Moreno S, Jarrín I; CoRIS. J Antimicrob Chemother. 2020 Oct 1;75(10):3004-3014.
PUBMEDAn interregional measles outbreak in Spain with nosocomial transmission, November 2017 to July 2018.
Pampaka Despina, López-Perea Noemí, Fernández-García Aurora, Huertas-Zarco Isabel, Castellanos-Martínez Maite, Villatoro-Bongiorno Katja, Roig-Sena Javier, Torner Nuria, Mar Mosquera María, Echevarría Juan Emilio, Prats Joaquim Ferras, Masa-Calles Josefa. Euro Surveill. 2023;28(17):pii=2200634.
DOIMonitoring progress towards elimination of hepatitis B and C in the EU/EEA.
Sharrock KC, Noori T, Axelsson M, Buti M, Diaz A, Fursa O, Hendrickx G, James C, Klavs I, Korenjak M, Maticic M, Mozalevskis A, Peters L, Rigoni R, Rosinska M, Ruutel K, Schatz E, Seyler T, Veldhuijzen I, Duffell E. PLOS Glob Public Health. 2022; 2(8): e0000841.
PUBMED DOIPhysicians’ opinions on generic antiretroviral drugs and single-tablet regimen de-simplification for the treatment of HIV infection: a multicentre survey in Spain.
Suárez-García I., Ruiz-Algueró M., García Yubero C., Moreno C., Belza MJ., Estébanez M., de Los Santos I., Masiá M., Samperiz Abad G., Muñoz Sánchez J., Omar M., Jarrín I.; Cohort of the Spanish HIV/AIDS Research Network (CoRIS). J Antimicrob Chemother. 2020 Feb 1;75(2):466-472.
PUBMEDEpidemiology of Herpes Zoster in the pre-vaccination era: establishing the baseline for vaccination programme’s impact in Spain.
Risco Risco Carlos, Herrador Zaida, López-Parea Noemi, Martinez-Urbistondo Diego, del Villar Carrero Rafael Suarez, Masa-Calles Josefa.Euro Surveill. 2023;28(8):pii=2200390.
DOIMeasles in Vaccinated People: Epidemiology and Challenges in Surveillance and Diagnosis in the Post-Elimination Phase. Spain, 2014–2020.
López-Perea, N.; Fernández-García, A.; Echevarría, J.E.; de Ory, F.; Pérez-Olmeda, M.; Masa-Calles, J. Viruses 2021, 13, 1982.
DOIInformación adicional
Los objetivos principales de esta subunidad son:
- Prestar apoyo en diseño y gestión de bases de datos y aplicaciones para dispositivos móviles/aplicaciones web
- Mantener los servidores de información de enfermedades crónicas y de mortalidad con los que cuenta el CNE (Servidor de Información Epidemiológica on-line “ARIADNA” (https://ariadna.isciii.es/), Servidor de Información Epidemiológica on-line “RAZIEL” (https://raziel.isciii.es/).
- Dar soporte técnico y logístico a la investigación en enfermedades crónicas desde un punto de vista genético y bioinformático (Gestión y desarrollo de aplicaciones de anotación para marcadores genéticos (SNPs, MicroRNA, etc) y extracción de información de estos, Tools de recodificación de identificadores de marcadores y cruces de bases de datos genómicas y representación de datos genómicos).
- Investigar y desarrollar métodos relacionados con instrumentos para la obtención de información y transmisión de esta en la investigación epidemiológica, la integración de fuentes de información y datos epidemiológicos y las infraestructuras de computación, almacenaje y transferencia de datos en salud.
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Tel.: +34 91 822 26 44
Email: pfernandezn@isciii.es